文明３年(1471)、蓮如上人によって建てられた越前・吉崎御坊は、上人が５年後に退去されてのち、一向一揆の争乱によって、白山平泉寺の衆徒に襲われ、堂宇はことごとく失われた。一向一揆とは、室町時代末期、越前・加賀・能登・三河・近畿などで起こった宗教一揆で、真宗(一向宗)の門徒国人・門徒農民・坊主たちが連合して、大名領国からの解放を企てた。一揆は加賀の守護富樫政親を高尾城に攻めて、長享２年(1488)、ついにこれを自刃させ、加賀を支配するところとなった。 ついで越前を侵略して、これを領国化しようとしたが、強大な戦国大名の朝倉氏に阻まれて、この企ては成らなかった。しかしこののちも、国境・吉崎付近での争乱はくり返され、吉崎御坊をはじめ越前平野の寺院は、その多くが焼失してしまった。発生以来、およそ１世紀にわたって加賀を支配し、越前を侵した一向一揆も天正３年(1575)に織田信長によって滅ぼされ、柴田勝家が北ノ庄に城を構えるにいたって、ようやく沈静化をした。